DNA methylation은 CpG 연속 서열 중 cytosine에 methyltransferase에 의해 메틸기가 결합하여 발생하는 후성유전적 특징 중 하나입니다. DNA methylation의 변화는 carcinogenesis 과정에서 발생되며, 이러한 특징을 기반으로 수많은 바이오마커 연구가 진행되어 왔습니다.

아황산 (bisulfite) 전환은 DNA methylation을 실험적으로 활용하기 위해서 가장 흔하게 사용되는 실험법이며, CpG dinucleotide의 cytosine에 methylation이 결합되어 있을 경우 cytosine이 uracil로 전환되지 않지만 methylation이 결합되어 있지 않는 경우 uracil로 전환됩니다. 아황산 전환 후 각 시료의 DNA methylation에 따라 상이한 sequence 특징을 보이고 이를 기반으로 시료의 DNA methylation을 확인합니다.

MS-HRM은 PCR 기반의 방법을 활용하여 검체의 메틸화 여부를 효율적인 시간과 비용으로 확인할 수 있는 방법 중 하나로, 일반적으로 검체의 메틸화 여부와 관계없이 표적 부위가 증폭될 수 있도록 프라이머(primer)를 활용하며, 이러한 프라이머를 methylation independent primer (MIP)라고 합니다. MIP를 통해 증폭된 PCR 증폭산물은 온도를 조금씩 올려가며, 서열 차이에 의해 발생하는 녹는점 차이를 확인하여 검체의 메틸화 여부를 확인하는 방법입니다.